휴믹산(Humic acids), 중금속(heavy metals), 그리고 방향족화합물(aromatic component) 등은 토양 샘플에서 흔히 발견되며, 실험에 심각하게 영향을 미치는 PCR inhibitors들로 false negative 등 실험결과에 있어 왜곡된 결과들을 초래합니다. 핵산 추출 프로토콜이 최적화되지 않은 경우 이런 inhibitor들이 같이 정제가 되는 경우가 빈번합니다. SPINeasy® DNA/RNA Kit for Soil는 MP만의 고유한 inhibitor removal 기술과 DNA, RNA를 선택적으로 결합시킬 수 있는 기술을 통합하여 개발된 제품으로, low biomass 샘플이나 오염도가 심한 샘플 등 다양한 까다로운 샘플에서 순수 microbiome genomic DNA와 RNA를 동시에 추출할 수 있는 제품입니다. 추출된 핵산은 오염물질이 관찰되지 않으며, 따라서 추가적인 inhibitor removal step 없이 qPCR, RT-qPCR 등 다양한 downstream application에 바로 사용할 수 있습니다.
성능
까다로운 토양 샘플 3종(High biomass, High contaminant, Low biomass)에서 핵산추출을 통해 농도를 비교해 본 결과, 아래 결과와 같이 모든 유형의 샘플타입에서 SPINeasy® DNA/RNA Kit for Soil가 타사(Z사) 대비 더 높은 농도로 DNA와 RNA를 추출할 수 있음을 확인하였습니다.
Figure 1. The SPINeasy® DNA/RNA Kit for Soil gives higher yield of nucleic acid than that of Competitor Z. Three types of soil samples (250 mg each) were used for DNA/RNA extraction. Yields were measured by fluorometric quantification. Each dot on the plot represents a single extraction.
추출된 DNA와 RNA는 integrity와 yield를 확인하기 위해 Agilent TapeStation 4150을 사용하여 추가로 분석되었습니다. DNA integrity (DIN)와 RNA integrity (RIN) 값은 두 키트에서 비슷하였지만, 핵산 추출 yield는 virtual gels 사진에서도 볼 수 있듯이 SPINeasy® DNA/RNA Kit for Soil를 사용하여 추출하였을 때 훨씬 높았습니다. 이런 추출 yield의 차이는 low biomass 샘플에서 더 극명하게 확인할 수 있었습니다(그림 2. 왼쪽 아래).
The SPINeasy® DNA/RNA Kit for Soil은 많은 양의 오염물질이 포함된 까다로운 샘플에서도 핵산추출을 잘 진행할 수 있도록 설계되었습니다.
High biomass/contaminated soil에서 추출된 DNA/RNA를 UV spectrophotometer에서 흡광도를 측정했을 때 SPINeasy® DNA/RNA kit for Soil로 추출한 샘플에서는 최적의 A260/A280 비율(DNA: ~1.8, RNA: ~2.0)과 높은 A260/A230 비율(그림 3. 첫번째 패널)을 보여주었습니다. SPINeasy® DNA/RNA Kit for Soil로 추출한 RNA와는 달리, 타사(Z사)로 추출한 RNA 샘플의 경우 모든 토양 종류에서 갈색을 띄었으며, 이것은 spectrophotometer @ 400 nm에서 측정한 humic acid 수준을 정량한 결과와 일치합니다(그림 3, 중간 패널). Z사의 이런 용액의 갈색 현상은 SPINeasy® DNA/RNA Kit for Soil (그림 3, 중간 패널)과 비교했을 때 오염 수준이 10배 이상 높은 high contaminant soil에서 특히 현저하게 관찰되었습니다. High biomass/contaminant soil로부터 추출한 DNA/RNA의 PCR inhibitors의 농도는 inhibitor-sensitive qPCR과 RT-qPCR로 테스트하였으며, Z사 로부터 추출한 RNA 샘플의 경우 purity와 humic acid level 데이터와 마찬가지로 상당한 PCR inhibition을 보였습니다. 이런 차이는 심각한 inhibition이 확인되었던 high contaminant soil에서 극명하게 보여집니다(그림 3, 아랫쪽 패널).
종합적으로 볼 때, 이런 결과들을 통해 SPINeasy® DNA/RNA Kit for Soil이 탁월한 inhibitor removal 성능을 가지고 있음을 확인할 수 있었습니다.
Application Notes
SPINeasy® DNA/RNA Kit for Soil는 MP만의 고유한 inhibitor removal 기술과 DNA, RNA를 선택적으로 결합시킬 수 있는 기술을 통합하여 개발된 제품으로, low biomass 샘플이나 오염도가 심한 샘플 등 다양한 까다로운 샘플에서 순수 microbiome genomic DNA와 RNA를 동시에 추출할 수 있는 제품입니다. 추출된 핵산은 오염물질이 관찰되지 않으며, 따라서 추가적인 inhibitor removal step 없이 qPCR, RT-qPCR 등 다양한 downstream application에 바로 사용할 수 있습니다.
Key Applications
Genomic, Molecular Biology, PCR, qPCR
| SKU | 116554050 |
| Application Notes | SPINeasy® DNA/RNA Kit for Soil는 MP만의 고유한 inhibitor removal 기술과 DNA, RNA를 선택적으로 결합시킬 수 있는 기술을 통합하여 개발된 제품으로, low biomass 샘플이나 오염도가 심한 샘플 등 다양한 까다로운 샘플에서 순수 microbiome genomic DNA와 RNA를 동시에 추출할 수 있는 제품입니다. 추출된 핵산은 오염물질이 관찰되지 않으며, 따라서 추가적인 inhibitor removal step 없이 qPCR, RT-qPCR 등 다양한 downstream application에 바로 사용할 수 있습니다. |
| Base Catalog Number | 6554050 |
| Product Line | SPINeasy |
| Components | Equilibration buffer (24 mL), Lysing Matrix YB (50 ea), Buffer SDR1A (18 mL), Buffer SDR1B (36 mL), Buffer SDR2 (24 mL), Buffer SDR3 (45 mL), Buffer SDR4 (45 mL), Buffer SDR5 (90 mL), Buffer SDR6 (150 mL), RNase Free Water (15 mL), DNA Column (50 ea), RNA Column (50 ea), 2 mL Microcentrifuge Tubes (100 ea), DNA Collection Tubes (250 ea), RNA Collection Tubes (150 ea), DNA Elution Tubes (50 ea), RNA Elution Tubes (50 ea) |
| Hazard Statements | Hazard Class 8 |
| Pack Size | 50 Preps |
| Personal Protective Equipment | Safety Goggles/Faceshield; Gloves |
| Sample Type | Soil |
| Storage | Store at Room Temperature (15-25℃), Dry environment |
